Một số khó khăn trong vấn đề quản lý thực phẩm chức năng đó là hình thức kinh doanh đa cấp, kinh doanh trên môi trường mạng xã hội...

Hiện nay điều kiện để bán hàng vào siêu thị TP. Hồ Chí Minh có thể sẽ khó hơn trước song đây là việc cần thiết để ngăn chặn thực phẩm không an toàn.

Để đảm bảo an toàn chất lượng hàng hóa nông sản, đặc biệt là hàng thực phẩm, các chuỗi kinh doanh bán lẻ đã và đang có những bước đi chiến lược trong việc đầu tư các trung tâm phân phối thực phẩm, đưa vào sử dụng hệ thống quản lý hàng hóa hoặc thuê kho lạnh bảo quản.